Struktur organisasi Dinas Peternakan dan Kesehatan Hewan Kabupaten Lamongan dipimpin oleh Kepala Dinas, Shofiah Nurhayati, S.P., M.Si., yang bertanggung jawab atas penyelenggaraan urusan pemerintahan di bidang peternakan dan kesehatan hewan. Dalam pelaksanaan tugasnya, Kepala Dinas dibantu oleh Sekretaris, drh. Rahendra P.E.S., yang mengoordinasikan tiga subbagian, yaitu Subbagian Perencanaan dan Evaluasi, Subbagian Keuangan, serta Subbagian Umum dan Kepegawaian.
Pelaksanaan tugas teknis dilaksanakan oleh empat bidang, yaitu Bidang Budidaya yang dipimpin oleh Henry Pumawidya Hartono, S.P.; Bidang Kesehatan Hewan yang dipimpin oleh drh. Azit Kustiawan; Bidang Kesehatan Masyarakat Veteriner yang dipimpin oleh Ratna Kumala Dewi, S.Pt., MMG, M.Eng.; serta Bidang Pengolahan dan Pemasaran Hasil Peternakan yang dipimpin oleh Mamik Upayah, S.Pt. Masing-masing bidang didukung oleh Kelompok Jabatan Fungsional sesuai dengan tugas dan fungsi dalam mendukung pembangunan sektor peternakan dan kesehatan hewan di Kabupaten Lamongan.
Selain unsur sekretariat dan bidang, Dinas Peternakan dan Kesehatan Hewan Kabupaten Lamongan juga memiliki tiga Unit Pelaksana Teknis Daerah (UPTD), yaitu UPT Puskeswan yang dipimpin oleh drh. Lely Umi Wakhidah, M.Si.; UPT Pembibitan dan Pengolahan Pakan Ternak yang dipimpin oleh drh. Maria Heni Widyastuti; serta UPT Rumah Potong Hewan (RPH) yang dipimpin oleh Anas Solachuddin E.S.Pt., M.M. Ketiga UPT tersebut mendukung pelaksanaan pelayanan teknis, peningkatan mutu pembibitan dan pakan ternak, serta penyediaan layanan pemotongan hewan yang memenuhi persyaratan kesehatan masyarakat veteriner.
Secara keseluruhan, struktur jabatan tersebut menggambarkan pembagian tugas, tanggung jawab, dan koordinasi antarunit kerja untuk mewujudkan penyelenggaraan urusan peternakan dan kesehatan hewan yang efektif, profesional, serta berorientasi pada peningkatan produktivitas peternakan, kesehatan hewan, keamanan produk asal hewan, dan kesejahteraan masyarakat Kabupaten Lamongan.
